A desamortización de 1835 fixo pasar a titularidade do convento de San Domingos de Bonaval, en Santiago, da Igrexa ao Concello da cidade. O traspaso non incluía referencias á Igrexa do recinto, que seguiu dependendo formalmente do Arcebispado ata que en 1959, en pleno franquismo, o consistorio inscribiu ambos inmobles no Rexistro da Propiedade. Así se mantivo, sen maiores sobresaltos, ata que nos anos 90 a realización de diversos eventos no recinto, tanto por parte da Xunta como do goberno local, levou as autoridades eclesiásticas a iniciar un litixio pola titularidade do templo, que tamén alberga o Panteón de Galegos Ilustres. O proceso xudicicial rematou en 2002 cunha sentenza do Tribunal Supremo que lle daba á razón á Igrexa. O pronunciamento xudicial non se executou ata 2010, ano no que o Arcebispado recuperou o Panteón, agora aberto en virtude dun acordo coa Xunta que, un 25 de xullo máis, o mantén baleiro de calquera tipo de acto oficial.
Cando a Igrexa recuperou a titularidade do templo e, polo tanto, do Panteón no que repousan persoeiros como Castelao, Rosalía de Castro ou Domingo Fontán, a Xunta e o Arcebispado formalizaron nun convenio o seu pacto para manter o recinto aberto ao público. O acordo, a cuxo texto tivo acceso Praza.gal mediante unha solicitude ao abeiro da lei de transparencia, fixa que o Goberno galego pode establecer o réxime de visitas ao Panteón que, como viña sendo habitual, ficou tamén incluído no itinerario da visita ao Museo do Pobo Galego. Ao tempo, o acordo autoriza a Xunta a celebrar alí "determinados actos institucionais" dentro "do respecto á natureza da Igrexa".
En 2010 executouse a sentenza que lle devolveu a titularidade ao Arcebispado tras o proceso iniciado na desamortización de 1835
Concretamente, a autorización para celebrar actos da Xunta no Panteón asinouse para "cinco días ao ano". "Unha das datas nas que se reservará expresamente para a súa posible utilización para a celebración de actos institucionais será o 25 de xullo, día de Galicia", di o acordo. No entanto, dende que ese convenio foi asinado a Xunta nunca empregou San Domingos de Bonaval para celebrar acto ningún o Día Nacional de Galicia -si adoita usalo como escenario para a entrega das Medallas Castelao cada 28 de xuño, por exemplo-, xornada na que cada ano si se celebra no Panteón a tradicional misa por Rosalía de Castro, da que en 2015 se cumpriu medio século. Así as cousas, un ano máis o Panteón permanecerá baleiro, sen posibilidade de que nel se celebre acto ou homenaxe ningunha alén da devandita misa, este ano centrada nos 125 anos do traslado dos restos de Rosalía, na que estará presente o presidente da Xunta..
O convenio asinado hai seis anos reserva o recinto cada 25 de xullo para que a Xunta poida realizar alí actos institucionais
O último intento formal para superar esta situación partiu, en 2011, do Consello da Cultura Galega. Xunto a outras entidades como a Real Academia Galega, o Museo do Pobo Galego e as fundacións Rosalía, Alfredo Brañas e Castelao, o organismo estatutario formulou unha proposición de lei para a creación do Panteón de Galicia como unha entidade de dereito público que, situada nun "espazo físico singular, diferenciado e autónomo", estivese "destinado en exclusiva a honrar e perpetuar a memoria das persoas" que contribuísen á "construción, coñecemento, difusión e defensa da identidade de Galicia ou ao desenvolvemento e progreso do pobo galego". O espazo, propuña a iniciativa, tería a consideración de "ben de dominio público", e a súa ubicación dependería dunha decisión do Parlamento.
Esta proposición foi acollida de bo grao polos grupos políticos da Cámara e polo propio goberno galego. Así, no derradeiro debate de política xeral da pasada lexislatura Alberto Núñez Feijóo anunciou que o Executivo promovería esta norma e reafirmouno o ano seguinte, poucos meses despois da súa segunda vitoria electoral. No entanto, ese proceso nunca chegou a culminar. A última posición do Executivo ao respecto, exposta nunha resposta parlamentaria ao BNG en marzo de 2015, subliña que "o único obxectivo da Xunta nos últimos anos foi garantir a apertura" do Panteón e o seu "uso e desfrute en condicións de plena normalidade" por parte da cidadanía. "Toda proposta relativa a este espazo emblemático para a identidade colectiva de Galicia" debe "partir" da devandita proposta do Consello da Cultura, agregaba, sen especificar máis intencións ao respecto.
